1979年伊莎贝尔·阿佳妮与法国导演布鲁诺·努伊顿(Bruno Nuytten)一起生活并有一个儿子Barnabé Adjani Nuytten,但始终没有结婚。1995年与丹尼尔·戴·刘易斯(Daniel Day-Lewis)生下第二个孩子Gabriel-KaneDay- Adjani.Lewis,而丹尼尔·戴·刘易斯则与著名的美国作家阿瑟·米勒的女儿丽贝卡·米勒结婚。2002年伊莎贝尔·阿佳妮和著名电子音乐艺术家让·米歇尔·雅尔开始交往,2004年因男方绯闻分手。