熊去氧胆酸胶囊可以用于治疗胆囊胆固醇结石、胆汁淤积性肝病（如原发性胆汁性肝硬化）、胆汁反流性胃炎。其通过抑制胆固醇在肠道内的重吸收，降低胆固醇向胆汁中的分泌，来降低胆汁中胆固醇的饱和度，从而使胆固醇从结石表面逐渐溶解，所以可用于治疗胆固醇结石。但适合胆囊收缩功能正常，而且是能被X射线穿透的结石患者。
熊去氧胆酸胶囊基于自身的亲水性、细胞保护作用、无细胞毒性等特性，可以去取代体内亲脂性、去污剂样的毒性胆汁酸，同时促进肝细胞的分泌、调节免疫，从而可以治疗胆汁淤积性肝病（如原发性胆汁性肝硬化）和胆汁反流性胃炎。
此外，临床也将熊去氧胆酸胶囊用于治疗胆汁缺乏性脂肪泻，还能预防药物性结石，以及治疗回肠切除术后的脂肪痢。
