臭鳜鱼对人体无害，臭鳜鱼的臭味主要来源于其特殊的腌制方法，这源于鱼类丰富的蛋白质，在湿热的气温下部分蛋白质发生分解，变成了眎蛋白和少量氨基酸，此时就会产生黏液和淡淡的臭味，但因为有少量氨基酸产生，所以又会使鱼肉有明显增加的鲜味。研究表明，在口感、鲜味、风味等指标上，臭鳜鱼发酵6～8天为最佳。
臭鳜鱼富含人体所需的蛋白质，含有提供人体热量的脂肪，还有含有人体所需的各种营养元素。适量食用对我们的身体有一定好处。在臭桂鱼当中，实际上产生的氨或硫化氢并没有那么多，还没有达到危害人体健康的程度。
不过参与臭鳜鱼发酵过程的细菌却有很多，以乳酸菌为主，但也常常伴随一些不好的细菌，例如粪肠球菌、枯草芽孢杆菌等，因此烹饪时需格外注意要烧熟煮透后再食用。
