甲硝片的副作用以消化道反应最为常见，包括恶心、呕吐、食欲不振、腹部的绞痛，一般不影响治疗。神经系统的症状有头痛、眩晕，偶有感觉异常，肢体麻木，共济失调，多发性神经炎等。
大剂量的可导致抽搐，少数病例发生荨麻疹，潮红，瘙痒，膀胱炎，排尿困难，口中金属味以及白细胞减少等，这些副作用均属可逆性的，停药后可自行恢复。
